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Dipartimento di

 
 

Conversione dei file .cif e .pdb nel formato .stl  

I programmi di modellazione molecolare e indagine cristallografica sono in grado di salvare in file .pdb, .cif o .obj.
Sono stati pubblicati molti tutorial per generare file stampabili partendo da .cif e/o .pdb, ne segnaliamo quattro:

Three Dimensional (3D) Printing: A Straightforward, User-Friendly Protocol To Convert Virtual Chemical Models to Real-Life Objects Pagina Esterna al sito
3D Printed Molecules and Extended Solid Models for Teaching Symmetry and Point Groups Pagina Esterna al sito
How to print a crystal structure model in 3D Pagina Esterna al sito
3D Print Exchange Helps Chemists Create Their Own Molecular Models Pagina Esterna al sito

Spiegano dettagliatamente come giungere in uno o più passaggi al file .stl utilizzando programmi open source o gratuiti per uso accademico.

A titolo d’esempio: 

Conversione dei file .cif e .pdb

 

    Fonte Pagina Esterna al sito

 

Software di conversione

- MeshLabPagina Esterna al sito (.stl .obj .vrml ed altri),
Open source, elabora e modifica mesh triangolari.
Ha lo scopo di aiutare nel trattamento dei tipici triangoli derivanti nella scansione 3D, offrendo una serie di strumenti per l'editing, la pulizia, il controllo.
E’ basato sulla libreria VCG sviluppata dal Visual Computing Lab di ISTI - CNR, è disponibile per Windows, MacOSX e Linux. E’ stato creato alla fine del 2005 come parte del corso FGT del Dipartimento di Informatica dell'Università di Pisa.

- VMD v (oltre 60 formati di file Pagina Esterna al sito tra cui .pdb .mol2 .stl),
Progettato per la modellazione, la visualizzazione e l'analisi dei sistemi biologici, come proteine, acidi nucleici, ecc. fornisce una grande varietà di metodi per il rendering e la colorazione di una molecola: punti e linee semplici, sfere e cilindri CPK, nastri, animazioni, ecc.
Può essere utilizzato per animare e analizzare la traiettoria di una dinamica molecolare.

- ChimeraPagina Esterna al sito (.pdb .mol2 .obj .stl ed altri),
Sviluppato da Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics, (National Institutes of Health. NIGMS P41-GM103311) visualizza e analizza strutture molecolari e i suoi relativi dati, comprese le mappe di densità, gli allineamenti di sequenze, le traiettorie e gli insiemi conformazionali. Può generare Immagini di alta qualità e animazioni. Include una completa documentazione e diversi tutorial, può essere scaricato gratuitamente per uso accademico, governativo e uso personale.


- Jmol (.pdb .cif .mol ed altri),
E’ un visualizzatore open source che permette di ottenere la struttura molecolare in 3D, scritto in Java può essere utilizzato su sistemi Windows, Mac OS X, Linux e Unix. Esistono una applicazione stand-alone e un insieme di strumenti di sviluppo che possono essere integrati in altre applicazioni Java. La caratteristica più rilevante è una applet che può essere integrata in pagine web per mostrare le molecole in una varietà di modi (ball and stick, space filling, ribbon, ecc.).

- CCDC MercuryPagina Esterna al sito(.cif  .pdb .mol2 .res .xyz).
Mercury offre una gamma completa di strumenti per la visualizzazione 3D e l'esplorazione di strutture cristalline, è dotato di sofisticati strumenti di analisi dei dati atti a fornire statistiche. Altamente personalizzabile è ampiamente utilizzato per la generazione di out put di alta qualità. Può lavorare in parallero con POV-Ray (free e multipiattaforma programma di rendering).


PS, Non sempre un file .stl concepito per fare un rendering è anche adatto per la stampa, per essere stampabile deve avere determinate caratteristiche: essere un solido chiuso e non avere facce mancanti, pareti o geometrie che si intersecano, doppie superfici.
Gli Editor STL permettono di verificare la correttezza formale dei file .st, i più diffusi sono netfabb Private Pagina Esterna al sito, concesso in licenza per uso non commerciale e MeshLabPagina Esterna al sito multi-piattaforma e open source prodotto dall’Università di Pisa. 

 

 

 

3D Print Exchange Helps Chemists Create Their Own Molecular Models

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